一、背景：满目疮痍的社会
公元年，在位仅仅只有四年却颇有建树的元文宗孛儿只斤·图帖睦尔病逝。继位的元宁宗也在两个月后不明不白的死去，元朝的高层出现权力真空。那把高悬的龙椅，又将引发新一轮的权力斗争———先是权臣后燕帖木儿去世，使得元明宗的长子妥懽帖睦尔成功继位，是为元惠宗。但此时的帝国权柄依然在右丞相伯颜手中。随着时间的推移，元惠宗与伯颜的矛盾日益尖锐，后来在伯颜之侄脱脱的帮助下，元惠宗才成功地废黜了伯颜，控制元朝政局。历经多次政治清洗，元朝对于国家的控制力早已不比以往。这艘曾经的巨轮在不知不觉中渐渐驶向了暗流涌动的水域。
作为一个大一统王朝，元朝的政局可以说是混乱无比：从忽必烈建国称号算起，元朝国祚只有97年，而刨去开国的元世祖忽必烈在位的35年和亡国的元惠宗在位的35年，在剩下27年里，元朝经历了9个皇帝，也就是说，平均每三年元朝就要经历一任皇帝。元朝皇帝更迭速度之快，让人瞠目结舌。最高权力的不断变化也让蒙古贵族对地方的控制力不断下滑。元廷在地方的政府组织也渐渐地腐化，失控。到了元惠宗时，国家腐败现象达到了顶点，蒙古贵族、将军和喇嘛僧侣的跋扈，官吏的贪污，地主豪强的专横在与日俱增。以元惠宗为首的蒙古皇室，更是“丑声秽行，著闻于外”。至此，元朝的统治已经处在崩溃的边缘。
与此同时，中央与地方的豪族也在不断兼并土地。从世祖时期的一次不过百亩，到元末的万亩；由北方兼并田野逐渐向南方丰腴之地下手，兼并之风愈演愈烈。各位王公每每派遣骑兵践踏耕地“索债征租，驱迫农民，剽掠麦禾”，“又江南豪民广占农地，驱役佃戸，无爵邑而有封君之贵，无印节而有官府之权”另外，各地的蒙汉地主多向当地官员行贿，在地方形成一个个利益共同体来维持自身的既得利益。这直接导致了中央对地方控制的弱化，过度的土地兼并造成了流民的产生，这恰恰再一次激化了社会矛盾。
但这些乱象仍然无法引起元朝统治者的危机意识：连年的庞大支出使得国库入不敷出，朝廷的应对措施却是加重赋税与滥发纸币。大量的纸币涌入市场，却没有相应的监督手段，这使得不法之徒私印纸钞，伪钞大量流入市场，元朝官方的币值也急速下滑，元朝因此爆发了严重的经济危机和通货膨胀，百姓"皆以物货相贸易。公私所积之钞，遂惧不行”，贫富差距进一步加大。此时的元朝，农民失去土地沦为奴婢。官府横征暴敛，苛捐杂税名目繁多，全国税额相比元初增加了20倍。底层百姓已经到了死亡的边缘。农民起义的温床已经形成。
至正四年()五月，黄河暴溢，于白茅堤、金堤一带决口。而俗话说，大灾过后，必有大疫。沿河州郡先遇水灾，又遭旱灾、瘟疫，灾区人民死者过半。黄河决堤后，紧接着冲坏山东盐场，严重影响元朝政府的国库收入。经过元廷长时间的商议，至正十一年四月,顺帝任命贾鲁为工部尚书、总治河防使,强征黄河两岸民工15万人疏浚河道，使黄河东去，合淮河入海。为全力治理黄河，元朝再次向地方摊牌徭役和重税，又经各级官员的层层加码，沿河各州县的税收已经高得令人发指，百姓怨声载道。再加上治河官吏贪墨成性，克扣工钱，使得修河河工挨饿受冻，群情激愤。不久后，一句脍炙人口的歌谣开始在治河工地上流传：“石人一只眼，挑动黄河天下反。”随着河工们的口口相传，越来越多的人都知道了这句民谣，但没有几个人真正知道这两句话的意思。直到不久后河工在挖掘的黄陵岗附近河道真的挖出了一个独眼石人，河工们见状惊诧不已。消息传出，大河南北，人民反抗的烈火顿时燃起。
二、起义的爆发和扩大
在中国古代，每逢农民起义，大多都会用谶语等手段来使自己套上一层玄学的外衣。而这场元末的治河乱局，背后也有人在推动，这便是日后红巾军的领袖——韩山童刘福通。
（一）起义的推手
韩山童，赵州栾城县（今河北栾城区）人，其家族是白莲教世家，祖上曾因为传教而被流放。成年后，韩山童继承了祖上的衣钵，成为白莲教的北方的一位教主。当时，在元朝黑暗的统治之下，底层人民开始寻求自己的精神寄托，白莲教的势力也因此暴涨。韩山童从中预感到天下将乱，于是一边结交豪杰，广积粮田，一边又暗中传教积攒力量。而在韩山童结识的众多人士之中，一位叫做刘福通的富豪和他志趣相投，每当韩山童传教被官府察觉时，就是刘福通在保护韩家人不被迫害，二人逐渐成为生死至交。此外，起义的核心层也吸收了不少与元朝离心离德的官员，如杜遵道等人，而正是在这些人的建议下，起义的政治口号才从单纯的“造反、暴动”转为成熟的“反元复宋”。
年，经过元朝对黄河的不断“治理”，黄河两岸早已民不聊生，再加上原先经过多次政治党争，早已虚弱不堪的河南官场也已无力控制各个基层单位，农民起义的条件已经成熟。在韩刘二人的授意下，一座一眼石人像在山东境内的河道里被埋下，有关石人的民谣也在工地里大量传播。与此同时，各地白莲教徒也在为起义壮声势，“弥勒下生”、“明王出世”等说法不断刺激着百姓的神经。当韩山童准备在颍州准备起义时，黄河两岸已成为装满火药的炸药桶，只待起义的星火燃起。
（二）起义的爆发
至正十一年（公元年）五月初，韩山童与其信徒刘福通、杜遵道、罗文素、盛文郁、王显忠、韩咬儿等聚众人于颍州颍上县，杀黑牛白马，誓告天地，准备起义。韩山童发布文告内有“蕴玉玺于海东，取精兵于日本。贫极江南，富夸塞北”，打出“虎贲三千，直抵幽燕之地；龙飞九五，重开大宋之天”的旗号。刘福通宣称韩山童为宋徽宗八世孙，当主中国，并自称为南宋名将刘光世后代,应当辅佐，正式提出“反元复宋”的口号。但正当起义群众聚集一起宣誓时，地方官突然派兵前来镇压，韩山童被捕牺牲，韩林儿与其母杨氏，乘乱逃到武安山（今江苏徐州境）躲藏起来。起义在初始阶段就面临着全面失败的风险。
当起义军倾颓之际，刘福通率领余部撤往界首并重新组织了数万民工起义，并一举攻克了颍州城。因为起义军以红头巾为号，时人称为“红军”，后人称其为“红巾军大起义”。元朝听闻黄河沿岸农民起义，急令守将赫厮、秃赤率六千精锐阿速军及各路汉军前往镇压,但这些昔日元廷的柱石却在河南境内烧杀抢掠，彻底失去了民心，反被红巾军击败。而赢得喘息机会的红巾军在刘福通率领下连续攻克固始、罗山、正阳、叶县等地，并在上蔡全歼了赫厮的余部，斩杀了赫厮，阿速军基本上损失大半，残余部众逃向北方。红巾军就在数月间得以控制大别山以西，淮河南北的地区，起义军的人数暴涨到十余万。年9月，刘福通率领红巾军攻占了整个豫南，声势大振。
（三）起义的扩大与元廷的镇压
刘福通的成功点燃了元末农民大起义的烽火，短短数月间，各地纷纷响应，各路农民军打出红巾军的旗号，起兵反元：年8月，徐寿辉、彭莹玉领导下的红巾军在大别山起兵反元，并一举攻占罗田县。开始在大别山一带活动。十月，徐寿辉攻占蕲水(今湖北浠水)，迅速于此建都称帝，国号天完；此外，以红巾军为号的还有萧县芝麻李、南阳布王三、荆樊孟海马、濠州郭子兴等部，“两淮、丰、沛、许、汝、荆、汉”的农民都起来响应。元朝的统治已经岌岌可危。不得不派遣主力军队平叛。
年冬，元廷派宰相脱脱的弟弟也先帖木儿领军10万讨伐红巾军，也先帖木儿趁起义军立足未稳之际迅速攻克汝南，斩杀了红巾军领头人之一的韩咬儿，又攻破了上蔡城，试图一战击溃起义军。但刘福通带领亲兵夜袭敌营，此战刘福通大胆突袭，敢与同元军打野战，并发动当地百姓群众，搅乱元军军阵，使得元军风声鹤唳，不敢作战，纷纷后撤。也先帖木儿只得领军退至项城一带修整。此战，刘福通凭借优秀的军事能力，成功扭转了北方红巾军的不利局面，为各地起义军分担了压力，他本人也被视作红巾军实际上的领袖。
年，各地起义军纷纷出击，刘福通派人进入南阳，并成功夺取了整个豫南；而南方徐寿辉的天完政权正以湖北黄冈作为核心，向四周进军，攻陷两湖以及江西大部分地区。与此同时，天完军吸纳了各省大量的小股义军，部众很快就增长到近百万人，成为南方最大的势力；而在两淮之地，从濠州起兵的郭子兴于当年2月27日攻陷凤阳。由于郭子兴部中有大量的淮西人，于是他便在当地招揽兵马，扩充军力。日后建立明朝的朱元璋就是在这一时期加入义军，开启了明太祖的一代帝业。
三、元军的镇压
元朝数次镇压起义军失败，迫使右丞相脱脱改变策略，采用各省军队分多路围剿。年秋，脱脱亲率东路大军攻陷徐州，徐州惨遭屠戮，芝麻李被杀，余部南下投奔郭子兴。而西路军攻入南阳盆地，并基本收复。刘福通被迫带领红巾军向东进军并攻克亳州。紧接着西路军南下荆襄，与天完国交战，天完政权创始人之一的彭莹玉战死。长江中游的元朝守军配合主力成功收复江西。同年，元军攻陷浠水，徐寿辉仅以身免，天完军只得退守大别山一带继续抵抗。
在对南方红巾军的战斗取得初步胜利之后，元军将围剿的重点放到刚刚称王建国的张士诚身上。宰相脱脱率百万大军进攻张士诚的大周，并抽调长江中游主力增援。元史记载：“旌旗累千里，金鼓震野，出师之盛，未有过之者”。刘福通的北方红巾军上。十一月，元军抵高邮，双方战于高邮城外，张士诚大败，退入城中不出。元军分兵破六合、盐城、兴化等地。又集中大量火器，围攻高邮城。城外，脱脱指挥大军夜以继日攻打高邮；城内，张士诚和盐民义军带领高邮百姓拼死抵抗，双方展开了拉锯大战。随着时间一天天过去，高邮城中盐民义军只剩下几千人，粮食越来越少，弓箭等守城的器械使用殆尽。军士逐渐支持不住，投降的想法开始流行。“兵围高邮，日事攻撃，矢石雨注，城中几不支，日议降附，又恐罪在不赦。”
就在起义军生死存亡之际，战场形势却发生了意想不到的转变，元军的后院“起火”了。至正十五年初，脱脱的朝中政敌哈麻唆使监察御史弹劾脱脱：“出师三月，略无寸功，倾国家之财以为己用，半朝廷之官以为自随”。元顺帝听信谗言，下诏书斥责脱脱“坐视寇玩，日减精锐，虚费国家之钱粮，诳诱朝廷之名爵”，并削去了脱脱的兵权。一纸诏书将他就地解职押往吐蕃，后又在半路送毒酒将其赐死。围攻高邮的百万大军一时群龙无首，被张士诚乘机击败。元军两年来的努力因自己的原因而化为泡影，原本大好的局势被白白浪费。起义军又一次抓住了这个窗口期，使元军的军事活动陷入低潮。
四、红巾军北伐
年2月，刘福通迎回韩山童之子韩林儿，在亳州建立政权，国号大宋。同年6月，刘福通再次派遣南北两路大军攻城略地。北路军由赵明达指挥，一路沿黄河北上，接连攻克登封、汝南、洛阳，又强渡黄河，进取河内；南路军同样战绩出彩，进军淮南，接连攻克信阳、安丰、合肥等地。元廷慌忙调长江守军回防，任用察罕帖木儿与李思齐驻守河南，又将在荆襄围剿徐寿辉的答失八都鲁调往北方。回防的察罕帖木儿于沁阳击败赵明达的北路军，迫使红巾军余部回撤与刘福通主力会师。之后数月间，刘福通的主力红巾军和千里驰援的答失八都鲁在河南多次交手。凭借刘福通出色的指挥能力，红巾军大破元军。答失八都鲁之后只得退守开封，不敢再与红巾军交战。至此，刘福通的北方红巾军已经赢得战争的主动权。年九月，认为时机成熟的刘福通策划北伐。红巾军兵分三路，与元军展开战略决战。
（一）西路军
年9月3日，李武，崔德领西路军率先行动，从洛阳出兵，迅速向西攻取陕州，控制了崤函通道，紧接着又攻破天险潼关，兵锋直指关中。随后元军展开猛烈反扑，双方在潼关反复拉锯。这时，红巾军暴露了其军事素养并不高的缺陷，西路军主力几乎都在陕州与潼关之间狭窄的通道之中，崤函通道的地形狭长，大兵团很难展开作战。元军趁机绕后收复陕州，将西路军主力围困在崤函通道。红巾军属于孤军深入，禁不起消耗战，于是李武等人只得调头收复陕州。在听闻察罕帖木儿驰援陕州，西路军可能被全歼后，红巾军主力被迫北渡黄河，进入山西境内，攻取了运城、安邑、平陆一带。与元军在晋、陕、豫领地周旋。
年2月，修整后的西路军又占领了商州，攻克武关。二月，夺取了七盘，进据蓝田，前锋直抵灞上，进逼陕西行省首府奉元路（今陕西西安），分兵攻同州、华州等地。陕西省台连连告急。陕西境内“有司官擎家而走”，有钱的富户“逸通逃奔于延安诸山”。元廷急令察罕帖木儿、李思齐、刘哈剌不花等由陕州、潼关前去援救。红巾军再次遇到察罕帖木儿，再次被击败，主力遭到屠戮，余部溃散，翻越秦岭，转攻汉中，并与驰援的白不信、大刀敖、李喜喜部众汇合。全军绕过元军主力，进入四川。西路军虽未能达成战略意图，但依旧牵扯了元军主力，为其他红巾军争取到了宝贵的时间。
（二）东路军
年2月，毛贵率东路军从淮安北上渡过黄河，起义军迅速攻克海州，但随即被元军围攻。毛贵大胆行军，率军由海州乘船走海路北上，并在27日登陆胶州，就此展开了攻势：3月12日克莱州，26日克青州、淄博，很快占据了整个胶东半岛。与此同时，毛贵利用三路北伐大军的强大威势,采用分化瓦解的政策,使山东的一些地主武装,如义兵万户田丰等人纷纷倒戈反元。年2月，东路军很顺利地攻克济南,控制了山东的大部分地区。这时,毛贵考虑到三路北伐军孤军深入,各自为战,容易被人多势众的元军分割包围,各个击破。于是,他派遣部将王士诚,续继祖等与中路军会合。他自已则率军乘胜北上,进军河北,三月,攻克南皮、蓟州。为了顺利进攻大都,毛贵在占领区实施了政治经济建设,不但设立地方政权以维护秩序,还于莱州屯田积粮。“立三百六十屯田,每屯相去三十里,造大车百辆,以挽运粮储,官民田十止收二分,冬则陆运,夏则水运”因为有大好的基础,所以毛贵出兵河北,于3月兵逼大都,“去京师百二十里,京师大震”红巾军兵锋直指元大都，迫使元军主力全力回防，其他战场的义军压力骤减。遗憾的是，此战元军主力尽出，而东路军孤立无援，元军在大都城下三面夹击红巾军，东路军既缺少大型攻城器械，又没有完整的野战部队，最终战败。剩余部队退回山东修整。
（三）中路军
年夏，刘福通集结本部主力三十余万，分东西南三路围攻汴梁，元军主将答失八都鲁亲自上阵作战。“答失八都鲁父子亲与刘福通对敌，自巳至酉，大战数合，答失八都鲁坠马，孛罗帖木儿扶令上马先还，自持弓矢连发以毙追者”此时驻守河南的元军无论是数量还是战力都逊色与红巾军，战斗也是败多胜少，主帅个人的勇武所能起到的作用已经很小。5月，红巾军已到汴梁城下。攻城期间，红巾军还兴建大量战船，士兵站在楼船上采用弓矢、火器向下攻击。无奈下答失八都鲁率部出城与刘福通野战，为其所败，将士奔溃。答失八都鲁本人退回黄河北岸，不久忧愤而死。汴梁一战后，红巾军基本控制了河南的领地，新生的宋政权拥有了稳定的基本盘，随后刘福通将都城迁往汴梁，拥立小明王为天下共主。
9月，修整后的刘福通再次派出大军北伐，是为红巾军北伐的中路军，由关先生、破头潘、冯长舅、沙刘二等人率领。中路军主力渡过黄河，翻越太行山攻入山西。他们连续攻占陵川、高平、潞州等地，威胁冀宁路（今太原）。元朝又征调在陕西与西路军鏖战的察罕帖木儿军东援，在太原击败中路军。红巾军进攻受挫，退入太行山休整。至正十八年（年）春，毛贵率东路军攻入河北，吸引了大量元军北援，毛贵部将王士诚、续继祖等也自益都出发，攻怀庆路、破晋宁路。中路军压力骤减，趁机分兵攻取太原，之后继续攻占绛州、沁州、冀宁、大同等地。东路军于大都战败后，元军主力挥师西进。5月，元军收复太原，中路军退守高平。6月13日，元军又在高平击败中路军。连续战败的红巾军非但没有后撤，反而趁元军全军来攻之际，调头北上再次攻克太原。9月，关先生领军冲下太行山攻打保定，但未能攻破。紧接着又趁元军来援，再次调头北上攻克大同，兴和。之后中路军出乎意料地跨越长城进入漠南蒙古同元军作战。12月，攻克元上都开平城，焚毁了那里宏伟华丽的宫殿。上都的陷落，对元王朝是一个严酷的打击，而红巾军大胆的出塞行动，还引发了蒙古部落的响应，元廷朝野震动。
中路军在上都呆了七天，转向东进，攻破全宁路，焚毁元鲁王府。至正十九年（年）正月十三日，又攻破元辽阳行省省会辽阳路，杀懿州路总管吕震。元左丞相太平料想红巾军千里北征，所过不占城邑，这次攻占辽阳也必然会很快放弃。于是派也先忽都为总兵大将军，率军进攻辽阳。但也先忽都进抵辽阳后，发现关先生、破头潘等红巾军部众“日治战马，一无退意”。这些红巾军显然不是溃退的残兵，也先忽都自己先害怕起来，他的大军也不战而溃。随后中路军以辽阳为根据地，占领了整个辽东半岛，成为一把随时刺向元廷的尖刀。这时，红巾军的势力已“东逾齐鲁，西出函秦，南过闽广，北抵幽燕”，达到了极盛时期。
五、红巾军的由盛转衰
整个元末农民起义前期，刘福通的北方红巾军是抵御元朝的中坚力量，元军主力基本在北方，因此刘福通各部要和元军最精锐的部队正面作战才能生存下去。此时南方的红巾军部队大多还在发展期。可以说刘福通的北方红巾军担当了南方起义势力的保护伞，所以当至正十九年（年）初，宋政权各路红巾军出击未达到预期目的，各路攻势逐渐衰弱时。刘福通北伐的成果很快被逆转，红巾军不可避免的走向败亡的结局。
在与红巾军作战的数年间，元朝各地的地方实力派逐渐掌控了各地实权。山西、陕西、河南等地早已不听元廷调令。一批同农民军作战而成长起来的将领成为了红巾军真正的心腹大患。其中势力最为强大的一方就是元末第一名将——察罕帖木儿。其手下拥众三十余万，常驻中原，是红巾军最大的对手。-年间，察罕帖木儿领军数次对阵红巾军西、中两路军，收复洛阳、潼关、运城、绛州、沁州等城池。（年西路军军出襄樊，陷商州、攻武关，直趋长安。然后又分兵攻取同州、华州，陕西中部所谓“三辅”地区大为震动，陕西行省告急。察罕帖木儿率大军入潼关与红巾军大战。西路军转入南山，进军兴元路。不久，西路军又从巴蜀攻陷秦陇，占领巩昌，进军凤翔。察罕帖木儿自率骑兵与西路军血战，西路军遭受到前所未有的惨败，关中全为元军收复。）在元军的不断打压下，红巾军三路大军北伐相继失利，形势发生逆转。
年，元军主力攻破菏泽，切断了刘福通本部与山东毛贵东路军的联系。至此，北伐军三路均和宋政权断绝联系，成为三只孤军。而元军一鼓作气，攻克淮安，进逼两淮之地。淮安失守后，守将赵钧用逃往山东投奔毛贵。但在立稳阵脚后赵钧用却谋杀了毛贵，这引发了东路军内部的矛盾，各部曲间相互攻伐，立下赫赫战功的东路军从此一蹶不振。这彻底打破了红巾军与元朝之间的实力对比。元军开始一步步地向刘福通发起最后的攻击。
六、红巾军的败亡
北伐三路大军北伐相继失利，中原的形势发生逆转，红巾军各部转攻为守。与此同时，察罕帖木儿和孛罗帖木儿率领的两支元军，对宋政权的包围进一步紧缩。年5月，察罕帖木儿移军虎牢，并派遣兵马南道出汴南，攻打归、亳、陈、蔡诸州；北道出汴东，征发战船沿着黄河，水陆并下，攻打曹州（今山东菏泽）以南的地方，据守黄陵（今河南兰考东）。又调陕西的兵马，出函谷关，越过虎牢关；山西的兵马越过太行山和黄河，会师于汴梁城下，夺取汴梁的外城。察罕帖木儿亲自驻扎在杏花营（在汴梁城西），指挥各路军环绕着汴梁城修筑营垒，把汴梁围得水泄不通。察罕帖木儿此战一改往日作风，在取得了黄河控制权后，效法红巾军以火器攻城，并在汴梁城东、西、北三面驻兵，猛烈攻城，又空出城南诱敌南逃。8月，汴梁城破，刘福通保护小明王南逃，被早已埋伏于此的元军主力围歼，红巾军主力尽失，刘福通、小明王等人一直逃至淮南安丰才得以安定，这标志着刘福通势力已经失败。河南淮北之地又回到元朝手中。
同年，驻军关中的李思齐又对西路军发动了最后一战。西路军残部李武、崔德等人只得转战陕、甘、宁之间；李喜喜率其余部众南去武昌，投靠了陈友谅。年，山穷水尽的李武、崔德等人向老对头李思齐投降。而同样在这一年间，察罕帖木儿向山东的红巾军发动总攻，一盘散沙的东路军无力抵抗，于第二年彻底败亡。另一支北伐的红巾军中路军也同样于年，在朝鲜半岛的冰天雪地中崩溃，关先生等将领被杀，部众四散溃逃。“关先生、沙刘二、破头潘兵入高丽，王王都出奔耽罗。其臣纳女请降，将校皆以女子配之，军士遂与高丽为姻娅，恣情往来。高丽人因各藏其马。一夕，传王令，除高丽声音者不杀，其余并杀之。”
作为元末抗元的主力，刘福通的红巾军至此走下了历史舞台。至正二十三年（年）二月，早已占领了濠州的张士诚，趁安丰空虚之机，遣其将吕珍攻破安丰。红巾军领袖刘福通遇难，北方的红巾军势力被地主武装镇压下去。随着年小明王韩林儿在瓜步沉入江中而死，红巾军建立的韩宋政权结束了。红巾军也彻底退出了历史舞台。
七、红巾军起义的影响
红巾军大起义，极大地冲击了元末的政治格局，对当时和后世都产生了深远影响。
首先，这次大起义推翻了元朝腐朽落后的统治，沉重打击了蒙古人的实力，鼓舞人民奋起反抗元朝的暴政，拉开了元末农民大起义的序幕。其次，在11年抗击元军的战斗中，元朝各地的原有势力被清洗，一定程度上成功触动了封建生产关系，缓和了尖锐的土地矛盾，推动了社会生产力的发展，比较彻底地消除了蒙古贵族带来的落后的生产关系对中原经济的破坏。最后，北方红巾军在人口、经济、战斗力均不如元朝的情况下，单独抵御元军长达十余年，并成功动摇了元朝的根基，使得元朝在击败红巾军后也迅速陷入内斗之中，无力南下平叛。成功为其余各起义军争取到了发展时间。
对元朝来讲，虽然成功镇压了红巾军起义，但十余年的作战也让这个国家走到了灭亡的边缘。在镇压农民起义战争中崛起的实力派割据一方，而元廷自身依旧在不停内斗。元惠宗（顺帝）统治中国的最后几年，甚至出现了皇帝与太子的内战。无止境的内耗彻底耗尽了元朝最后的气运，此时，距离元廷灭亡只有两年。
虽然红巾军最后失败了，但作为反抗元朝的主力军，它所起到的作用远比红巾军政权本身大。在小明王沉江溺亡的一年后，一统南方的朱元璋下令兴师北伐，在“驱逐胡虏，恢复中华”的檄文鼓舞下，明军成功攻破元大都，完成了刘福通等人未尽的事业。